Maebara Keiichi emmènage en 1983 dans le petit village de Hinamizawa. Un petit village genre village paumé comme il le dit lui même, si petit qu’à l’école, il n’y a qu’une classe pour tous les élèves, une vingtaine à tout casser. Il se lie très rapidement d’amitié avec un petit groupe constitué de Rena, Satoko, Rika et Mion, la chef de groupe. La vie semble paisible. Mais les apparences sont trompeuses, et Keiichi va rapidement s’en rendre compte en apprenant le passé du village, et sa quasi disparition 5 ans plus tôt lors de la construction d’un barrage, qui a finalement été annulé après un meurtre par démembrement, dont l’un des bras n’a jamais été retrouvé. Les choses ne s’arrangent pas lorsqu’il apprend par un photographe, Tomitake, que tous les ans, lors de la fête du village, une personne meurt et une personne disparaît.